O cargo de Ministro Extraordinário responsável pelo Planejamento do país foi criado pela Lei Delegada nº 1 de 25 de janeiro de 1962 e ocupado por Celso Monteiro Furtado, então o primeiro Ministro do Planejamento. Até então, a coordenação e planejamento da política econômica ficara a cargo do Conselho de Desenvolvimento, criado em 1956, o qual passou a ser subordinado ao ministério recém criado.

As atribuições do Ministro do Planejamento foram ampliadas em 1964, com a inclusão da coordenação econômica e, em 1965 passou a integrar a estrutura governamental um órgão de consulta do Ministério: o Conselho Consultivo do Planejamento.

Com a edição do Decreto-Lei nº 200, em 25 de fevereiro de 1967, o planejamento passou a ser competência do Ministério do Planejamento e Coordenação Geral. Cerca de sete anos depois, a Lei nº 6.036, de 1º de maio de 1974 criou a Secretaria de Planejamento (SEPLAN), com status de Ministério, ligada à Presidência da República, a qual passou a ser o centro das decisões econômicas do país.

A partir dos anos 1980, houve um reordenamento das ações desenvolvidas, relegando ao segundo plano as atividades de planejamento, em favor do desenvolvimento de medidas de curto prazo, numa tentativa de conter a inflação elevada desse período. Como consequência, desencadearam-se várias mudanças organizacionais que colocaram a SEPLAN como órgão coordenador das ações econômicas imediatas do governo.

Embora a SEPLAN continuasse a participar da formulação da política econômica de curto prazo, em 1985 foram criadas outras estruturas, separadas da SEPLAN, para formular, executar e fiscalizar a política de preços e o abastecimento, tais como a Secretaria de Abastecimento e Preços (SEAP); o Conselho Interministerial de Preços (CIP); a Superintendência Nacional de Abastecimento (SUNAB) e a Secretaria Central de Controle Interno (SECIN). Em 1986 também foram transferidas da SEPLAN a Secretaria de Modernização Administrativa (SEMOR), órgão que juntamente com as áreas de planejamento e orçamento, compunham o tripé do Sistema de Planejamento Federal.

A partir de 1987, houve novas mudanças na administração da SEPLAN. Embora ganhasse, formalmente, a coordenação das ações do governo federal, perdeu a Secretaria de Controle das Empresas Estatais (SEST), além de suas delegacias no Rio de Janeiro, São Paulo e Recife, as quais foram extintas.

Com essas mudanças, a SEPLAN perdia não apenas o controle da execução de ações na área econômica como também funções ligadas ao seu próprio campo de atuação. A concessão de recursos para o atendimento de pequenas obras ou atividades no campo social tornou-se um de seus principais campos de ação. Por isso, foram transferidas para a SEPLAN a Secretaria de Ação Comunitária (SEAC) e a Coordenadoria para Integração da Pessoa Portadora de Deficiência (CORDE).

O retorno da SEPLAN ao desenvolvimento das ações básicas de planejamento só se deu em 1988, com a nova administração, quando foi novamente reformulada para atender às novas funções definidas pela Constituição Federal promulgada naquele ano. A secretaria voltou, então, a ser o centro das decisões de política econômica.

Essa posição foi substituída, em 1990, no Governo Fernando Collor de Mello, pelo Ministério da Economia. A SEPLAN foi então extinta e reduzida à condição de Secretaria Nacional, subordinada ao Ministério recém-criado, ocupado por Zélia Cardoso de Mello. Após o impeachment do presidente, e a assunção de seu vice, Itamar Franco, foi criada, por meio da Lei nº 8.490, de 19 de novembro de 1992, a Secretaria de Planejamento, Orçamento e Coordenação, com status de Ministério, ligada à Presidência da República.

Em 1995, com a reforma administrativa realizada pelo governo Fernando Henrique Cardoso, a SEPLAN foi transformada no Ministério do Planejamento e Orçamento (MPO) e, em 1º de janeiro de 1999, no segundo mandato do presidente Fernando Henrique Cardoso, com a modificação feita pela Medida Provisória nº 1.795, o MPO passou a se chamar Ministério do Orçamento e Gestão (MOG). Em 30 de julho de 1999, com a Medida Provisória nº 1.911-8, o MOG recebeu o nome de Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão (MPOG), que foi alterado, a partir 12 de maio de 2016, para Ministério do Planejamento, Desenvolvimento e Gestão com a Medida Provisória nº 726.