Ao órgão central do SIORG compete: definir, padronizar, sistematizar e estabelecer os procedimentos atinentes às atividades de organização e inovação institucional; estabelecer fluxos de informação entre as unidades integrantes do Sistema e os demais sistemas de atividades auxiliares, visando subsidiar os processos de decisão e a coordenação das atividades governamentais; gerar e disseminar tecnologias e instrumental metodológicos destinados ao planejamento, execução e controle das atividades de organização e inovação institucional; orientar e conduzir o processo de organização e de inovação institucional; promover estudos e propor a criação, fusão, reorganização, transferência e extinção de órgãos e entidades; e administrar o cadastro de órgãos e entidades do Poder Executivo Federal.