O PPA confere um tratamento especial à transversalidade e à multissetorialidade, institutos que permitem identificar públicos ou políticas específicas em determinados setores de atuação do governo.

As Agendas Transversais reúnem o conjunto dos compromissos de governo relativos a temas de natureza transversal e multissetorial, que estão dispersos nos programas temáticos do Plano Plurianual - PPA. São formas alternativas de organização das informações contidas no Plano, permitindo uma visão sistematizada das ações de governo para públicos ou temas específicos e propiciando outra perspectiva para seu monitoramento. As Agendas foram pactuadas com a sociedade civil durante os Fóruns Interconselhos.

As Agendas Transversais do PPA 2016-2019 são: 

• Criança e Adolescente
• Juventude
• Pessoa Idosa
• Políticas para as Mulheres
• População LGBT
• Pessoas com Deficiência
• População em Situação de Rua
• Igualdade Racial
• Povos Indígenas 

As agendas temáticas são as seguintes:

• Usos Múltiplos da Água
• Desenvolvimento Rural Sustentável
• Economia Solidária
• Bioeconomia
• Segurança Alimentar e Nutricional
• Mudança do Clima

Pode-se acessar o conteúdo das agendas transversais e temáticas do PPA 2016-2019 por meio do site do Plano Plurianual.